/home/username/www - то же самое, что и public_html. Это немного запутывает, но www - это sylink (ссылка) на папку public_html, по этому, все что будет загружено в www папку, будет физически находится в public_html.
/home/username/tmp - содержит все файлы статистики для webalizer, analog, and awstats.
/home/username/mail и /home/username/etc - в этих папках находится почта и различные конфигурационные файлы.
/home/username/public_ftp используется для anonymous ftp.
/home/username/.cpanel - кешь вашей cPanel страницы и настроек.
Мы крайне не советуем вам удалять какие либо из этих директорий!